Vědecká rada je poradní orgán ředitele v otázkách vědy a výzkumu realizovaného v MOÚ, a to včetně koncepčního a strategického směřování. Vědecká rada projednává a zaujímá stanovisko především k projektům řešeným v rámci grantové podpory včetně projektů financovaných z institucionální podpory.

Rada klinického výzkumu MOÚ (dále jen RKV) je orgán náměstka ředitele pro vědu a výzkum, který se zřizuje za účelem podpory rozvoje vědecko-výzkumných aktivit v MOÚ, vnitřní koordinace, evidence a dohledu nad těmito aktivitami.

Banka biologického materiálu (BBM) dlouhodobě uchovává zamražené či jinak zpracované tkáně a další lidský biologický materiál nejen onkologických pacientů, ale také zdravých jedinců. Veškeré skladované vzorky a k nim přidružená data jsou vždy archivovány se souhlasem dárce.

Výzkumné centrum aplikované molekulární onkologie (RECAMO) je moderní výzkumné pracoviště zaměřující se na oblast nádorové biologie.

Zajišťuje administrativní činnost v rámci podpory běžících výzkumných projektů. Administrativně zajišťuje aplikace nových návrhů grantových projektů. Spolupracuje s výzkumnými pracovníky při zajištění realizace jednotlivých projektů. 

Zajišťuje konzultační činnost a metodické vedení při přípravě nových vědecko-výzkumných projektů aplikovaných do interních i externích grantových schémat. Poskytuje konzultační činnost řešitelům výzkumných projektů v realizaci. Organizačně zajišťuje Radu klinického výzkumu MOÚ.

Úsek zdravotnických informací zajišťuje sběr, kompletaci, kontrolou a ukládání údajů o zhoubných nádorových onemocněních obyvatel České republiky. Dále provádí uložení zkompletovaných a validovaných údajů do databáze Národního onkologického registru (NOR). Svou činností se tak ÚsNOR podílí na tvorbě a udržování celostátní databáze NOR, kterou spravuje Ústav zdravotnických informací a statistiky České republiky (ÚZiS ČR). Souhrnné údaje z databáze NOR jsou podkladem nejen pro onkologickou epidemiologii, ale i pro hodnocení, organizaci a řízení onkologické zdravotní péče. Znalosti a zkušenosti z registrace zhoubných nádorových onemocnění aplikuje ÚsNOR do tvorby a rozvoje parametrické zdravotní dokumentace v rámci nemocničního informačního systému MOÚ.

Oddělení vzdělávání zajišťuje vzdělávací činnost v MOÚ Odpovídá za organizaci pregraduálního a postgraduálního vzdělávání a dalšího odborného celoživotního vzdělávání zdravotnických a jiných pracovníků MOÚ. Odpovídá za administrativní přípravu ústavu související s řízeními o udělení akreditací v oblasti odborného vzdělávání. Rovněž odpovídá za činnost Odborné knihovny. Přímo řídí zaměstnance zařazené na Oddělení vzdělávání a v Odborné knihovně.

Vědecký tajemník zajišťuje organizaci a řízení Vědecké rady. Podílí se na organizaci vědecké práce a zabývá se vytvářením nových strategií a koncepčního rozvoje vědy a výzkumu v MOÚ.